L'histoire de Versailles no Bara se passe à la fin du xviiie siècle en France. Oscar est une jeune femme élevée en garçon par un père excédé de n'avoir que des filles. L'éducation militaire d'Oscar lui permet de devenir le capitaine de la garde royale, chargée de la protection de la jeune dauphine Marie-Antoinette. Aux côtés d'Oscar, il y a André, son ami d'enfance, secrètement amoureux d'elle. Ensemble, ils devront affronter les premiers troubles annonçant la Révolution française.
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Au 31è Siècle, Ulysse quitte la base de Troie à bord de l'Odysseus pour retourner sur Terre. Son équipage et son fils Télémaque l'accompagnent. Attaqués en chemin par une boule de feu qui kidnappe l'enfant, ils découvrent le Cyclope, qui le retient prisonnier, et le détruisent. Libérant au passage d'autres victimes (Thémis et son frère Noumaïos), mais provoquant aussi la colère des dieux dont le Cyclope était une créature...
Daimos est un robot géant doté de capacités fantastiques et destiné à protéger la Terre des attaques venant de l'espace. Le créateur de cette merveilleuse machine est le professeur Izumi. On découvre dans les premiers épisodes que Kazuya est le seul capable de le piloter. Kioshiro est son fidèle copilote. Il y a une histoire d'amour entre Erika et notre héros, mais le fond de l'histoire est une guerre stellaire entre les Terriens et les Bahamiens (extraterrestres ressemblant aux humains avec des ailes d'ange).