Operations croit que Nikita est une menace pour la Section Une et veut la tuer pendant une mission. Elle survit au complot et quand elle revient, elle enquête sur la disparition de Michael et découvre quelque chose qu'elle n'imaginait pas.

Nikita doit faire face à son ultime destinée de reprendre la Section Une. Pendant ce temps, Michael revient dans le tableau et kidnappe M. Jones, qu'il a l'intention de livrer au Collectif en échange de son fils. A présent, Nikita doit choisir : doit-elle sacrifier son destin ou le fils de Michael ? Sa décision déterminera son futur pour toujours... et le futur de tout le monde autour d'elle.

Nikita continue de montrer des preuves d'une "reprogrammation", notamment à travers l'ordre d'éliminer un agent capturé de la Section, la mise en danger d'enfants pendant une mission et la torture d'un prisonnier. Michael est décidé à retourner la reprogrammation de Nikita et il se rend bientôt compte que l'ancien agent de la Section qui a inventé le processus, Ross Gelman, pourrait être la clé. Pendant ce temps, Operations est extrêmement fier de cette "nouvelle" Nikita mais Madeline s'inquiète

Nikita se cache de la Section Une depuis qu'elle a survécu à la destruction de la cachette d'une Ligue de Libération. Alors qu'elle travaille comme serveuse, elle est capturée par la Ligue et utilisée comme appât pour piéger la Section Une. Lors d'un raid de l'unité mené par Michael, Nikita sauve la vie de celui-ci et ils parviennent à s'enfuir ensemble.

Accusée d'un crime à tort et condamnée à la prison à vie, Nikita est emmenée dans une organisation secrète de lutte contre le terrorisme où l'on fait d'elle un agent secret. Avec l'équipe de la Section Une, elle doit remplir des missions et lutter pour sa propre survie. La série est inspirée du film...